Гра зберегла ключові елементи оригінальної Subnautica: захопливі дослідження локацій, розбудову бази з новими відсіками та механізмами. У другій частині основна увага приділена кооперативу — тепер можна грати командою від двох до чотирьох «підводників», а всі ігрові механіки адаптовані до групового проходження.